文章信息：Yang, T., He, J., Li, C., Ning, C., Zhang, T., Wang, J., Zhang, H., Wang, G., Jia, X., Zhang, C., Yan, S., Zhang, X., Wu, F., Wu, C., Wu, X., Pang, Y., & Huang, Y. (2025). Ancient DNA reveals the population interactions and a Neolithic patrilineal community in Northern Yangtze Region. Nature Communications, 16, 8728. https://doi.org/10.1038/s41467-025-63743-1
整理人：徐嘉苗，2025级硕士研究生
整理时间：2025年10月14日
Abstract: The scarcity of ancient genomes of early rice cultivators has hindered our understanding of their genetic profiles and dynamic interactions with millet cultivators. In this study, we analyzed 58 ancient genomes from Baligang, a long-term settlement situated on the northern rim of the Middle Yangtze River Basin, spanning from the Middle Neolithic to the Late Bronze Age. This chronostratified genetic dataset offers comprehensive genomic insights into populations engaged in early rice cultivation, enhancing our understanding of East Asian demographic history. Our study revealed that Baligang experienced successive waves of admixture over time, with ~4,200 BP as a critical transition point, marked by a significant genomic influx of southern East Asian populations. We also identify the detailed kinship relations within multi-generational secondary burial and the existence of patrilineal communities dating back five millennia, offering fresh perspectives on early social structure in prehistoric China.
摘要：早期水稻种植者古代基因组的稀缺性阻碍了我们对其遗传图谱以及与小米种植者的动态相互作用的理解。本研究分析了八里港的58个古基因组，八里港是位于长江中游流域北缘的长期聚落，时间跨度为新石器时代中期至青铜时代晚期。这个按时间分层的遗传数据集提供了对从事早期水稻种植的人群的全面基因组见解，增强了我们对东亚人口历史的理解。我们的研究表明，随着时间的推移，八里港经历了连续的混合浪潮，~4,200 BP 是一个关键的过渡点，其标志是东亚南部人群的大量基因组涌入。我们还确定了多代次要埋葬中的详细亲属关系和可追溯到五千年前的父系社区的存在，为史前中国早期社会结构提供了新的视角。
1. 研究背景
早期稻作农民的古代基因组数据稀缺，阻碍了我们对他们的遗传特征及其与北方粟作农民动态相互作用的理解。
位于长江中游北缘的八里岗遗址是一个连续居住的长时期定居点，经历了南北文化的交替影响，并存在大规模二次葬习俗，为研究新石器时代社会结构提供了理想条件。
2. 研究意义
填补基因组空白： 提供了首份来自长江流域早期稻农的、具有时间序列的综合性古基因组数据集，极大地增进了对东亚人口历史的了解。
揭示人口动态： 揭示了长江与黄河流域人口之间持续的双向基因流动，以及农业实践与文化传播的遗传背景。
重建社会结构： 通过高分辨率的亲缘关系分析，为东亚新石器时代存在父系社区提供了直接遗传学证据，为理解史前中国的社会组织提供了全新视角。
3. 研究方法
样本与测序： 对来自八里岗遗址的58个古代个体（年代跨越新石器时代中期至青铜时代晚期）进行了全基因组测序。
种群遗传分析： 使用主成分分析、ADMIXTURE、Outgroup-f3和F4统计等方法，分析Baligang个体与东亚其他古代和现代人群的遗传结构和亲和性。
祖先成分建模： 使用qpWave和qpAdm工具评估不同时期人群的祖先来源和混合比例。
亲缘关系与谱系重建： 利用KIN、ancIBD和ROH分析，对大规模二次葬M13中的个体进行精确的亲缘关系鉴定和谱系重建，并结合Y染色体和线粒体DNA的单倍群分析社会结构。
4. 研究主要结论
动态基因流动： Baligang人群经历了连续的混合波次，约4200年前是一个关键的转折点，出现了显著的南方东亚人群基因组流入。
父系社区： 墓M13中的所有男性个体均属于Y染色体单倍群Oβ-F46的一个分支，而线粒体DNA则表现出高度多样性，结合亲缘关系分析，表明这是一个存在女性外婚制的父系社区。
文化、农业与遗传变化的非完全同步性： 遗传变化与文化或农业变化并非完全同步。例如，在屈家岭文化时期，水稻比例显著增加，但南方祖先成分的显著流入却延迟到随后的石家河文化时期。
5. 研究展望
样本补充： 需要获取更多来自屈家岭文化时期等过渡阶段的样本，以得出关于该关键转变期的更明确结论。
多学科交叉： 需要结合古环境研究和相关考古学研究，以阐明环境效应与人类行为之间的相互作用。
更广泛的研究： 未来在该区域及周边地区获取更多的考古基因组证据，将有助于绘制更完整的人口互动图谱。
6. 研究主要图表
01 八里岗的地理位置和年表
02 古代八里岗人群的动态遗传结构
03 八里岗及周边地区稻农的迁移和分散情况
04 BLG基因组反映的新石器时代东亚社会结构
原文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-025-63743-1
原文转引：https://mp.weixin.qq.com/s/qdT7ZEdz-YNezOs_PIS3hQ
